Aktivity
Aktivita 1.1
Vybudovanie základne a vytvorenie priestorov Kompetenčného centra na JLF UK v Martine
Cieľ aktivity - realizácia prestížneho vedecko-výskumného pracoviska – kompetenčného centra orientovaného na onkologický výskum – na JLF UK v Martine
V rámci aktivity sú venované finančné prostriedky využité na vytvorenie adekvátnych priestorov Kompetenčného centra JLF UK, ktorá v súčasnej dobe nedisponuje dostatočným počtom kvalitných priestorov pre výskum. V rámci stavebných prác je rekonštruovaná prístavba a dobudovaná nadstavba budovy na Malej Hore 4, kde sú vytvorené nové priestory pre špičkový výskum.
V tejto aktivite už prebehla rekonštrukcia zverinca na Sklabinskej 26.
Aktivita 1.2
Realizácia konkrétnych výskumno-vývojových úloh s onkologickou problematikou
Cieľ aktivity – je tvorba algoritmov pre identifikáciu genetických, proteomických a metabolických profilov pacientov s nádorovými ochoreniami liečených protónovou terapiou ako aj výskum, vývoj a zavedenie moderných molekulovo biologických a genetických metód do diagnostiky, liečby a prevencie vybraných nádorových ochorení.
V tejto aktivite sú obstarané nasledujúce zariadenia:
- Zobrazovací prietokový cytometer
- Hmotnostný detektor 1 a 2
- Analyzátor proteínov a nukleových kyselín
- Frakcionátor
- Práčka pre bronchoskopy
Okrem zariadení bol zakúpený i špičkový diagnostický softvér, ktorý podporuje 3D diagnostiku pre všetkých užívateľov systému zapojených do Kompetenčného centra
V rámci aktivity boli venované finančné prostriedky aj na nákup chemikálií nevyhnutných k realizácii výskumných činností.
Výskum v aktivite je zameraný na nasledovné činnosti:
Zavedenie DNA analýzy širokého spektra génov pomocou DNA čipov
Vytvorenie protokolov pre genotypizáciu vybraných nádorových ochorení
Materiálno-technická príprava a know-how sledovania efektu protónoveho žiarenia na separované kmeňové nádorové bunky z natívneho tkaniva.
Aktivita 2.1
Vypracovanie návrhov diagnostických postupov súvisiacich s RIMPT
Cieľom aktivity bude zistiť:
- lokalizáciu, veľkosť a charakter nádorového bujenia v mozgu/mieche
- cirkulačné a metabolické zmeny v nádore, peritumotovom tkanive,
- v kontralaterálnej hemisfére
- zmeny kardiovaskulárne, vegetatívne a metabolické na periférii
- organizmu (poruchy srdcového rytmu /ektopická aktivita, AF, zmeny
- ST segment, Q/T intervalu, zmeny krvného tlaku ako výsledok vplyvu mozgového nádoru na kardiovaskulárny systém.
- Kognitívne zmeny, zmeny kvality života (QoL) aktivít denného života (ADL) disabilita a handicap.
Táto aktivita je momentálne v štádiu rekonštrukcie. Protónový urýchľovač má nového vlastníka s ktorým JLF UK rokuje ako o novom partnerovi do projektu. Vo finálnych štádiách je príprava žiadosti o zmenu zmluvy, kde bude UVN SNP nahradená partnerom CVTI.
Aktivita 2.2
Výskum pokročilých metód spracovania informácii získaných napr. pomocou génových analýz, ktoré zabezpečuje partner Žilinská univerzita v Žiline
Cieľom aktivity je výskum pokročilých metód spracovania informácii získaných pomocou génovej analýzy pre potreby zvýšenia úspešnosti liečby nádorových ochorení a ich softvérová podpora
V rámci aktivity je obstarané IKT a softvéru pre vedecko-výskumnú činnosť.
Odborní riešitelia vykonávajú činnosti v rámci výskumu a vývoja v jednotlivých etapách zamerané na:
- analýzu možných metód spracovania veľkých štatistických súborov
- výber vhodných metód a návrh nových štatistických metód na získanie relevantných informácii z dát získaných génovou analýzou
- návrh vizualizácie výsledkov spracovania informácií pri génovej analýze pre potreby lekárov
- analýzu programových prostredí vhodných na implementáciu softwarového riešenia anonymizácie dát pacienta.
- návrh realizácie aplikačného programového vybavenia anonymizácie.
Aktivita 2.3
Tvorba podporných algoritmov a metód v oblasti analýzy a spracovania obrazu
Cieľom aktivity je vytvorenie skupiny odborníkov z oblasti aplikovanej informatiky, informačno-komunikačných technológií a biomedicíny, ktorej primárne aktivity budú zamerané na podporu spracovania biomedicínskych údajov pomocou výpočtovej techniky.
Aktivita má tri základne funkcie, konkrétne:
- Analýza súčasných a návrh nových metód spracovania biomedicínskych údajov s využitím najnovších prístupov a poznatkov z oblasti počítačového videnia, počítačovej grafiky, štatistiky, matematickej analýzy, umelej inteligencie, neurónových sietí a biomedicínckeho inžinierstva.
- Analýza súčasných (dostupných) rozhraní, štandardov a noriem vzhľadom na požiadavky aktivít kompetenčného centra.
- Výskum pokročilých metód počítačového spracovania biomedicínskych údajov pre potreby aktivít kompetenčného centra.
Aktivita 2.4
Proteomická a biochemická analýza krvi a tkanív zvierat a pacientov ožiarených protónmi
Cieľom tejto aktivity je proteomická analýza vzoriek krvi a tkanív zvierat a pacientov ožiarených urýchlenými protónmi, predovšetkým zvierat a pacientov s neoplastickými zmenami tkanív. V rámci biochemickej analýzy krvi je monitorovaný aj celkový metabolický profil sledovaných jedincov (fluorescenčný fingerprint). V prípade relevantných zistení identifikácia biomarkerov úspešnosti terapie.
Účelom aktivity vo väzbe na špecifický cieľ je podrobná proteomická a biochemická analýza krvi a tkanív zvierat a pacientov ožiarených urýchlenými protónmi na protónovom urýchľovači vo Fakultnej nemocnici v Ružomberku, a následný vývoj metodického postupu, ktorý optimalizuje proteomickú a biochemickú analýzu vzoriek s cieľom určenia marker-špecifických protilátok, ktoré sa objavujú v krvi v prípade rozpadu nádorových buniek po ožiarení subjektov urýchlenými protónmi.
Činnosti aktivity 2.4 zabezpečuje partner UPJŠ Košice.
Aktivita 2.5
Výskum a vývoj polohovacích zariadení pre stabilizáciu pacienta
Cieľom aktivity - je výskum a vývoj elektrických topologií modulov zdrojov napájacích systémov magnetov a konštrukcií polohovacích modulov pre stabilizáciu pacienta pre zvýšenie účinnosti liečby protónovou terapiou a ich SW prepojenie so systémom plánovania ožarovania.
Aktivita je realizovaná v nasledujúcich činnostiach:
- Výskum a vývoj modulov napájacích zdrojov a ich certifikácia do úrovne umožňujúcej zavedenie opakovanej výroby.
2. Výskum a vývoj konštrukcií polohovacích modulov pre stabilizáciu pacienta počas liečby ionizujúcim žiarením a ich certifikácia do úrovne umožňujúcej zavedenie opakovanej výroby.
3. Výskum a vývoj SW vybavenia zabezpečujúceho prepojenie požiadaviek systému ožarovania s nastavením polohy pacienta.
Výstupy projektu
• zvýšenie konkurencieschopnosti JLF UK v regióne, v spektre domácich ako aj zahraničných VŠ a vedeckých inštitúcií – vytvorenie kompetenčného centra zabezpečí kontinuálny proces podpory inovácií, a preto neustále plní výskumno-vývojové aktivity postavené na kvalite svojich výskumných pracovníkov a technikov zameraných na realizáciu aplikovaného výskumu a transferu technológií.
• podpora výskumu a vývoja v súkromnej sfére – kompetenčné centrum vytvorí podmienky (podnikateľský inkubátor, Centrum projektovej podpory, Centrum transferu technológií), ktoré zabezpečia a budú generovať nové projekty a vytváranie start-upov.
- podpora vzdelávania vo vede a výskume – vďaka získaným výsledkom budú poznatky aplikované do nových učebných osnov a výskumných metodík